Ein weiteres Indiz, das die Theorie der "Black Smoker" als der Wiege des Lebens stützen könnte, ist die Tatsache, das viele der extremophilen Bakterien an diesen Schloten zu den Archaea gehören. Dieser dritte und wahrscheinlich sogar ursprünglichste Hauptstamm des Organismenreiches wurde erst vor wenigen Jahren etabliert.

Neben den Bakterien und den Eukaryoten, den Vorfahren aller mehrzelligen Lebewesen, bilden sie eine dritte Lebensform, die sowohl Merkmale der beiden Schwestergruppen, als auch eigene, bisher unbekannte genetische Merkmale zeigt. Die meisten der bisher gefundenen Extremophilen scheinen von diesem Stamm besonders weit unten abzuzweigen. Dies ist ein Hinweis darauf, dass sie stammesgeschichtlich sehr alte Lebensformen sein müssen, die sich über Jahrmillionen hinweg kaum verändert haben.

Könnten die heutigen Extremophilen tatsächlich lebende Relikte der allerersten Lebensformen sein? Einige Forscher sehen in den Extremophilen zwar durchaus die entscheidenden Organismen im frühen Evolutionsgeschehen, halten aber die Tiefsee keineswegs für die einzig mögliche Wiege des Lebens. Für sie spielten sich die entscheidenden ersten Schritte vielmehr im Inneren der Erdkruste, in feucht-warmen Poren des Gesteins, ab. Noch heute finden sich hier ausgedehnte Populationen von Hyperthermophilen, extrem hitzeresistenten Bakterien, die fernab von Sonne und Sauerstoff nicht nur überdauern, sondern sich auch bestens vermehren können.

Wieder andere Wissenschaftler, wie auch Norman Sleep von der amerikanischen Stanford Universität, halten es allerdings für nicht sehr wahrscheinlich, dass das Leben tatsächlich unter der Erde entstand. Bisher weisen alle Indizien eher darauf hin, dass die ersten Organismen an der Oberfläche gelebt haben müssen. Für Sleep stellen die unterirdischen Hyperthermophilen-Kolonien aber eine Art Arche Noah im Inneren der Erde dar. In einem dramatischen kosmischen Selektionsprozess könnten wiederholte Meteoriteneinschläge die beginnende Evolution an der Erdoberfläche immer wieder unterbrochen haben. Überlebt hätten dann nur die Lebensformen, die an ein Leben unter den heißen und dunklen Bedingungen in der Tiefe angepasst gewesen wären - eben die Extremophilen.

Trotz vieler Hinweise und neuer Theorien ist die Frage nach dem Ursprung allen irdischen Lebens jedoch noch lange nicht endgültig geklärt, zu vieles liegt noch im Dunkeln - im Fall der unterirdischen Extremophilen sogar im wahrsten Sinne des Wortes.