Australien gilt als der giftigste Kontinent überhaupt und so stellt auch das Great Barrier Reef in dieser Hinsicht keine Ausnahme dar. Das "giftige Repertoire" reicht von Quallen, über Fische und Schnecken, bis hin zu Haien und Krokodilen.

Zu den extrem gefährlichen Tierarten des Great Barrier Reef zählen die so genannten box jelly-fish, auch Stinger oder auch Seewespen genannt. Diese Würfelquallenart ist das giftigste Lebewesen des Meeres. Der nahezu durchsichtige und schwach blaue, bis zu 20 Zentimeter lange Körper sieht noch verhältnismäßig harmlos aus. Das eigentlich Gefährliche sind die bis zu drei Meter langen Tentakeln, die ein extrem gefährliches Gift absondern und Schwimmern schmerzhafte und meistens sogar tödliche Verletzungen zufügen können. Ungefähr von Oktober bis Mai treiben die Quallen zu Tausenden vor der nördlichen Küste Australiens. Ganze Strandabschnitte sind in dieser Zeit gesperrt beziehungsweise es werden "stinger resistant enclosures" - mit Netzen und Steinwällen abgesicherte Badestellen - eingerichtet.

Ein anderer hochgiftiger Meeresbewohner ist der hässliche Steinfisch. Durch seine graubraune Farbe und seinen stacheligen Rücken sehr gut tarnen, so dass er kaum von den abgestorbenen Korallenstöcken zu unterscheiden ist. Wie der Name schon sagt sieht er einem Stein zum Verwechseln ähnlich und das kann Riffspaziergängern zum Verhängnis werden. Tritt man aus Versehen auf ihn, kann das wegen seiner harten Rückenstacheln und seinen dort sitzenden Giftdrüsen sehr schmerzhaft werden.

Aber nicht nur spazieren gehen ist am Great Barrier Reef gefährlich... Wer hier an den Stränden Muscheln und Schnecken sammelt, der muss sich vor den Kegelschnecken in acht nehmen. Ihre Formen sind zwar wunderschön, doch ihr Innenleben kann tödlich sein. Das Tier, das in der Schnecke lebt, besitzt eine Giftharpune, die sie dem arglosen Opfer unter die Haut jagt.

Nicht giftig, aber dennoch gefährlich sind Haie. Die hier am Great Barrier Reef vorkommenden Haiarten sind allerdings meistens die eher scheuen Schwarz- und Weißspitzenhaie. Angriffslustiger sind da schon die Tiger- und Hammerhaie, die aber wie die meisten Haie, den Menschen eigentlich erst angreifen, wenn sie sich in die Enge getrieben fühlen. Vor allem Surfer sind hierbei gefährdet, weil ihr Brett aus der Sicht des Haies ungünstigerweise wie eine ihrer Lieblingsspeisen - die Seehunde - aussieht.

Nördlich des Wendekreises des Steinbocks in der Stadt Rockhampton ist der Küstenstreifen fest in der Hand der Krokodile. Besonders auf Hinchinbrook Island, eine der vielen Inseln im Great Barrier Reef, ist die Gefahr für den Menschen besonders groß. Die zwei australischen Krokodilarten sind die ungefährlichen Süßwasserkrokodile (freshies) und die sehr aggressiven Salzwasserkrokodile (salties). Während die Süßwasserkrokodile im Johnstone River leben, tummeln sich die gefährlichen "salties" in Flussmündungen und bis zu zehn Kilometer landeinwärts.