Trinkwasser ist knapp im Einzugsgebiet des Aralsees. Da Alternativen fehlen, wird das häufig stark pestizidverseuchte Grund- und Seewasser, trotz allem von den Einheimischen genutzt. Auch die wenigen verbliebenen Fische dienen weiter als Nahrungsgrundlage für die Bevölkerung. Allgemeine Unterernährung und die unzureichenden hygienischen Bedingungen verschärfen die Situation noch. Schwerwiegende Erkrankungen können nicht ausbleiben.

Verschiedene Krebsarten, Typhus, Magengeschwüre, Hepatitis und Nierensteine sind in dieser Gegend viel häufiger anzutreffen als in den meisten anderen Staaten der Erde. Die Kindersterblichkeit liegt bei 15 Prozent und Neugeborene kommen häufig mit Mißbildungen bzw. genetischen Defekten zur Welt. In manchen Gebieten sollen bis zu 95 Prozent der Frauen im gebärfähigen Alter aufgrund der Mangelernährung unter schwerer Anämie leiden.

Auch die zahlreichen Sand- und Salzstürme fordern ihren Tribut. Erkrankungen der Atemwegsorgane (z. B. Bronchitis und Asthma) sowie der Augen gehören für die Bevölkerung in der Aralseeregion zum Alltag.

Wie die folgende Übersicht am Beispiel von Karakalpakien/Usbekistan zeigt, sind die Morbiditätsraten für bestimmte Krankheitsformen erheblich gestiegen oder haben sich auf hohem Niveau stabilisiert (pro 100.000 Einwohner):

Jahr 1980
Gallensteinleiden: 8,5
Chronische Gastritis: 120
Nierenkrankheiten: 18
Schwere Darmkrankheiten: 373
Virushepatitis: 584

Jahr 1989
Gallensteinleiden: 58
Chronische Gastritis: 367
Nierenkrankheiten: 154
Schwere Darmkrankheiten: 607
Virushepatitis: 771

Gewachsen ist auch die Seuchengefahr. Vor allem Pest und Cholera bedrohen die Gesundheit. Der Grund: Mit dem Trockenlegen der ehemaligen Sumpfregionen sind die Nagetiere, die Überträger vieler Krankheitserreger, in die Nähe der Menschen "geflohen". Man findet sie z. B. in der Nähe von Brunnen und anderen Wasserquellen.