Bei der Verwendung von Heilpflanzen ist es nicht unerheblich, welcher Pflanzenteil verwendet wird. Verwendet werden je nach Wirkstoff und Pflanze die unterschiedlichsten Pflanzenteile: Blüten, Blätter, Kraut, Holz, Rinde, Wurzeln oder die Früchte. Doch dann kommt es darauf an, gezielt die Teile heraussuchen, die den gewünschten Wirkstoff enthalten und wenig andere,. möglciherweise Nebenwirkungen auslösende Substanzen. Gerbstoffe beispielsweisesind vorwiegend in Rinden, Wurzeln und Fruchtschalen verschiedenster Pflanzen enthalten. In den Blüten derselben Pflanze sucht man sie dagegen vergeblich.

Auch die Art der Anwendung ist entscheidend: Einige Inhaltsstoffe, wie beispielsweise die Solanine, dürfen nur äußerlich angewendet werden, bei Aufnahme wären sie zu giftig. Andere wiederum würden bei rein äußerlicher Anwendung keine Wirkung zeigen.

Die Heilpflanzen werden in Form von Tees, Presssäften, Inhalationen, als Tinktur, Dragee oder als Bad angewendet und müssen entsprechend zubereitet werden. Dazu werden die Pflanzen frisch gepresst oder zunächst getrocknet, zerkleinert und zum Teil pulverisiert. Die getrockeneten Pflanzenteile nennt man Arzneidrogen oder kurz Drogen.

Für Inhalationen oder Tees werden durch Überbrühen der frischen oder getrockneten Pflanzen mit kochendem Wasser die wasserlöslichen Wirksubstanzen herausgelöst. Ätherische Öle und Vitamine gehen teilweise verloren, fettlösliche Substanzen werden schlechter als wasserlösliche extrahiert. Bei Pflanzen mit hitzeempflindlichen Inhaltsstoffen und bei schleimhaltigen Drogen lässt man die Pflanzen 12 bis 24 Stunden mit kaltem Wasser ziehen. Die Extraktion der Wirkstoffe ist im Vergleich zu heißen Aufguss beim Tee nicht so vollständig.

Wurzeln, Rinden und bestimmte Samen werden durch Abkochen zubereitet. Dabei wird die Droge zunächst kalt angesetzt und anschließend für zehn bis 30 Minuten gekocht.

Für eine Tinktur fertigt man ein Alkohol-, Wein- oder Essig-Extrakt an, d.h. man lässt die Pflanzenteile einige Tage in diesem Lösungsmittel ziehen und schüttelt mehrmals täglich um. Dadurch gehen die Wirkstoffe in das Lösungsmittel über. Verdampft man das Lösungsmittel eines solchen Extraktes, erhält man ein Trockenextrakt, das dem Patienten nach weiterer Verarbeitung in Form von Tabletten oder Dragees verabreicht wird.