Die meisten Chemiker gehen heute davon aus, dass die Reaktionsprodukte eines biologischen Systems zum einen als Matrizen (Template) wirken: Nur bestimmte Bausteine können an bestimmten Stellen binden, wie ein Puzzleteil nur an einer Stelle ins Puzzle passt. Zum anderen müssen die Reaktionsprodukte in der Anordnung ihrer Bausteine, also strukturell, Information speichern.

Jede Sequenz kann sich in programmierter Weise falten und definiert darüber die chemische Funktion des Moleküls und seine Rolle im Netzwerk. Mögliche Aufgaben sind die Bindung, die Katalyse, der Transport und die Kompartimentierung, das heißt die Bildung von abgeschlossenen Bereichen wie zum Beispiel Protozellen.

Eine wichtige Funktion ist die eigene Vermehrung (Selbstreplikation): Das Netzwerk muss Reaktionsprodukte enthalten, die ihre eigene Sequenz und die weiterer Reaktionsprodukte kopieren können. Auch die Kopien müssen wiederum als Matrizen funktionieren. Je schneller und energiesparender diese Vermehrung funktioniert, desto mehr Kopien entstehen, die wiederum kopiert werden und sich so durchsetzen. Weniger effiziente Reaktionsabläufe gehen unter.

In diesem Evolutionsprozess spielen kleine zufällige Veränderungen beim Kopieren eine wichtige Rolle. Verbessern sie den Kopiervorgang indem sie ihn beispielsweise beschleunigen, so werden sie weiterkopiert.